El término microbiota intestinal hace referencia al conjunto de microbios que habitan nuestros intestinos, entre los cuales se destacan principalmente las bacterias, aunque también algunos protozoos, virus, hongos, etc.
Suele utilizarse también el término flora intestinal, aunque hacia finales de la década del 90 entró en desuso, al considerar que este conjunto de microorganismos vivos es mucho más que un conglomerado de bacterias, y que cumple funciones vitales para la salud humana.
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